La lonja de la Cofradía es el lugar donde todo el pescado capturado por sus miembros es puesto a la venta. Allí se pesa, se mantiene refrigerado con hielo, se inspecciona, se registra para dotar al colectivo de un fiable método de control económico y sanitario y, finalmente, se ubica en la sala de recepción de pescado que es donde se revisa y selecciona para su posterior subasta.            Los comercializadores, bien de forma directa o a través de sus intermediarios, asisten a la subasta y adquieren el pescado previa formalización de la documentación necesaria. Existen dos sistemas de venta: El de subasta y el de primera venta. El requisito común en ambos es que toda la operativa quede registrada por la Cofradía. En la subasta, tras la inspección del pescado recién descargado, los compradores acreditados toman parte en la subasta mediante el sistema de puja a la baja, en la que el moderno sistema electrónico muestra un precio que va disminuyendo hasta que un comprador pare la cuenta atrás del precio.                                     En la “primera venta”, el barco puede entregar un lote de pescado determinado a un comprador concertado, al margen de la subasta, al precio que se haya acordado. Tal y como se ha indicado, esta operativa es controlada por la Cofradía, para la correcta inclusión del lote en sus estadísticas. De esta manera, el pescado que se obtiene en Hondarribia se disfruta en todo el mundo, llegando a los mercados globales más exigentes, así como a las mesas de los restaurantes de los mejores cocineros.